قسم يعني بكل ما يتعلق بالتراث العربي المخطوط ومصوراته، وقد تم تزويده بالوسائل كافة التي تساعد المحقق والباحث على تحقيق أهدافه من مصادر وفهارس وكشافات وأدوات بصرية وتصويرية، ويحوي القسم قرابة خمس وعشرين ألف عنوان بين أصلي ومصور ويصل تاريخ بعض هذه المخطوطات إلى ما يقرب من السبعمائة سنة مضت، وهي تبحث في مختلف العلوم والمعارف ومن بينها عدد من المخطوطات النفيسة زماناً وموضوعاً وشكلاً، ويحتوي القسم على العديد من المخطوطات النادرة.

يقدم قسم المخطوطات خدمات التصوير والإرشاد المرجعي حيث تم تجهيز قاعة للمطالعة خاصة بالباحثين، والمحققين مزودة بالوسائل التقنية والعلمية اللازمة.